Samir Muratović u svojoj je reprezentativnoj karijeri nastupio 23 puta za A selekciju BiH, a svoju punu afirmaciju u dresu Zmajeva stekao je po dolasku Miroslava Ćire Blaževića na selektorsku poziciju, koji ga po preporuci Ivice Osima uvrštava u reprezentaciju na početku kvalifikacija za Svjetsko prvenstvo 2010. godine.
Posljednji put nastupio je za reprezentaciju naše zemlje u Frankfurtu na prijateljskoj utakmici protiv Njemačke u junu 2010. godine.Muratović, inače uvijek omiljen član svih sportskih kolektiva u kojima je nastupao, u svojoj klupskoj karijeri obukao je dresove osam klubova, zvorničke Drine, turskog Kocaelispora, sarajevskog Željezničara, Chemnitzer iz Leipziga, ruskog Saturna, te austrijskih GAK-a, Sturma i Rieda, dok je danas formalno član austrijskog četveroligaša Gnasa.
Svoje najbolje dane proveo je u Grazu u ekipi Sturma, čiji ga navijači smatraju legendom kluba, za koji je nastupao pet godina, te pri tom postigao 31 gol u 128 mečeva.
- Safet Sušić će imati problema da me izvede iz igre ako odmah postignem gol. - poručio je uvijek raspoloženi Samir Muratović koji sa nestrpljenjem očekuje 5. mart i njegov oproštaj od fudbalske reprezentacije BiH, ali i aktivnog igranja fudbala.
