Halilović je rođen u Zagrebu, a njegov otac Sejad Halilović je nekadašnji reprezentativac Bosne i Hercegovine.
Alen je zbog toga imao, a i još uvijek ima, pravo nastupa za fudbalsku reprezentaciju Bosne i Hercegovine.
Međutim, mladi je Halilović prije nekoliko mjeseci ipak izabrao da igra za Hrvatsku, ali izgleda ne svojom voljom.
Navodno je Alen želio, a i još uvijek želi, nositi dres fudbalske reprezentacije Bosne i Hercegovine.
Međutim, protiv toga je bio njegov otac, koji smatra kako Alen ima više prostora za napredak u reprezentaciji Hrvatske, u čijem je dresu i Sejad Halilović odigrao jednu utakmicu tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu.
Ipak, nakon što je Alen Halilović izbačen iz svih reprezentativnih selekcija Hrvatske, ponovo je aktuelna mogućnost da ovog mladog fudbalera gledamo u dresu BiH.
