Misimović je rođen u Njemačkoj, u Minhenu, a nastupao je za U-18 i U-21 reprezentaciju Srbije.
Međutim, nešto kasnije, u svlačionici minhenskog Bayerna, čiji je dres tada nosio, Misimoviću je prišao Hasan Salihamidžić.
"Braco me pitao da li bih igrao za Bosnu i Hercegovinu. Bolan, kako ne bih!", prisjeća se Miske.
Vrlo brzo, 18. februara 2004. godine, Misimović je debitovao za Bosnu i Hercegovinu kada je selektor Zmajeva bio Blaž Slišković.